Molecular Dynamic Simulation - 威佐、雙魚

--------- 2010 . 12. 06 ----------
威佐 :

目前已經將幾個常用的 Operations 取出，
需要計算的力包括:
Bonded(Bond length、Bond angle、Dihedral 三種力)和 Non-Bonded，

我相信這是簡化過的形式，但對於我們做加速運算已經足夠，

我現在使用的 Code 是學長給的那本書中的 Code (老師我沒有自己寫一個...)。
但是因為要先嘗試做 translator，所以先暫用書中的 Code，等到評估期過後，
我們可以自己改一份 MD 的 Code，

另外，現在成熟的 MD 套件大概是 CHAMBER、AMBER、NAMD、GROMACS，
可以下載使用，看一下別人如何做的，當然我們不需要做到像這些軟體這麼複雜。


雙魚:

著手將 MD 的 Code 改成 Multi-Thread，
目前先規劃將 Non-Bonded Force 的部份給平行，
如果修改完成，可以再加入 Bonded 的部分。

下一步，就是將它寫成 SPCI 的 Component。